S'agissant de l'environnement, d'aucuns soutiennent que les gènes peuvent se retrouver en des endroits inattendus et subir des mutations aux effets négatifs (en créant des « supervariétés » de mauvaises herbes résistantes aux parasites et aux herbicides), que les gènes en sommeil pourraient accidentellement être activés tandis que les gènes actifs pourraient devenir latents, et que les gènes pourraient avoir des interactions avec les populations autochtones vivant dans la nature et engendrer ainsi des effets négatifs sur les oiseaux, les insectes et les sols, tout en portant involontairement préjudice aux prédateurs des parasites des cultures, qui ont un effet bénéfique.

从环境方面来说，有人认为，基因可能进入预想不到的地方并发有害突变（例，有抗病虫及抗除草剂能力的“超级杂草”），“沉睡”基因意外地被唤醒而活性基因转为“隐性”，并且基因及土著物群体互相发反应，从而对鸟类、昆虫以及土壤不利影响，在无意间伤害捕食危害作物害虫的益鸟益虫。

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