La collaboration entre le secrétariat de la Convention et le Groupe régional de coordination pour les mers régionales du PNUE est actuellement axée sur deux activités concrètes : la formation d'une initiative de coopération aux fins de la gestion des espèces marines allogènes, également en collaboration avec le Programme mondial sur les espèces envahissantes, et la constitution de réseaux régionaux de zones maritimes protégées.

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Ses autres activités importantes ont notamment porté sur l'élaboration de lignes directrices pour la certification des produits aquacoles et leur innocuité, l'analyse, l'évaluation et la gestion des risques en aquaculture, ainsi que les directives techniques sur la gestion sanitaire de la faune aquatique et la sécurité des déplacements transfrontaliers d'espèces aquatiques vivantes, l'alimentation et l'empoissonnement responsables, l'utilisation judicieuse d'espèces exotiques dans l'aquaculture et la protection et l'utilisation responsable de la biodiversité aquatique pour l'aquaculture.

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